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摩登3娱乐事件結束後，邱毅因涉嫌率眾包圍及指揮貨車衝撞地方法院，於2006年被臺灣高等法院高雄分院依照首謀聚眾妨害公務罪認定有罪。上訴經臺灣最高法院審理後，於2007年3月22日被駁回，邱毅被判處14個月有期徒刑定讞，未被褫奪公權，入獄時仍為立法委員之身分。判決結束當下，邱毅的照片遭張貼各港口以防潛逃出境。後因立法院通過減刑法案，減刑為有期徒刑7個月。邱毅在入獄前與妻子離婚。

《BLEACH》（2001年～2016年）、《Mr.FULLSWING強棒出擊》（2001年～2006年）、《草莓100%》（2002年～2005年）、《-{zh-hans:光速蒙面侠21;zh-tw:光速蒙面俠21;zh-hk:Eyeshield 21高速達陣}-》（2002年～2009年）、《死亡筆記》（2004年～2006年）輩出受歡迎作品。之後，《銀魂》（2004年～2018年）、《家庭教師HITMAN REBORN!》（2004年～2012年）、《驅魔少年》（2004年～2009年）、《魔人偵探腦嚙涅羅》（2005～2009年）亦受歡迎。

根据当时的理论，医院死亡率居高不下的原因是，大量伤病员聚集产生“医院毒气”，反毒害患者。于是，依靠良好的通风来维持医院的安全环境便成为其时广为人所接受的解决方案。综合医院的建造虽然并未跳脱当时不完善的理论背景，但因采用长式帐篷结构而通风良好，并做到病人的分区护理而起到较好的卫生效果。