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1936年12月西安事变之后，国共两党停止内战，联合抗日，开始第二次合作。抗日战争全面爆发后，红军主力部队被改编为国民革命军八路军和新四军。八年抗战期间，八路军和新四军深入敌后创建多个抗日根据地，逐渐扩充了自身实力。

在该组织創立的很长一段时间内，各個成員国的话语权严重不对等。苏联经常在“经济一體化”的口号下去強行安排別的国家該生產什麼、不該生產什麼，刻意將軍火、電腦、能源等高科技產業保留在蘇聯本土，而將農業、輕工業、食品等低技術含量的行業交給成員國執行。這的確令蘇聯經濟獲得一定限度的增長，但其餘社会主义国家卻无法获得多少好處，並且還需要在外交上從屬於蘇聯，因此諸成員國對蘇聯漸生不滿。